1. 样本：肿瘤与配对正常
为什么要测正常对照，肿瘤纯度和 FFPE 会怎样改变数据。
全外显子测序 WES
从一块肿瘤和一管血到突变全景. 示例数据：TCGA-LAML（maftools 自带，193 例）
湿实验与测序
从 reads 到数据
4. 比对：把 reads 放回基因组
BWA 比对、BAM 文件、比对质量、PCR 重复标记与碱基质量校正。
5. 体细胞突变检测
肿瘤对比正常：哪些差异是体细胞突变，哪些是胚系变异或技术假象。
6. 注释与 MAF 文件
一个突变落在哪个基因、改变了哪个氨基酸，MAF 每一列在说什么。
数据分析
7. 队列突变全景：oncoplot
用 TCGA-LAML 读懂一张 oncoplot：频率、互斥与共现。
8. 肿瘤突变负荷 TMB
TMB 的分子与分母，10 mut/Mb 阈值从哪里来、为什么不能随便套用。
9. 突变谱与突变特征
六类碱基替换、96 种三核苷酸背景，突变特征如何指向致突变过程。
10. 驱动基因与热点
lollipop 图上的热点，位置聚集法能发现什么、会漏掉什么。
11. 突变与预后
突变型对比野生型的生存分析，以及怎样定义“野生型”才不出错。
12. 进阶：异质性、队列比较与在 OmicOne 中继续
VAF 与克隆结构、两个队列的比较、临床富集，以及在 OmicOne 中完整跑一遍。