肿瘤突变负荷 TMB

分子与分母

TMB = 计入的体细胞突变数 ÷ 可检出区域的大小（Mb）。

分子：WES 通常数的是非同义突变（SNV 加小 indel）。有的检测把同义突变也算上，有的排除已知驱动突变，口径一变，数字就变。分子还受上游影响：纯度低、深度浅会漏掉突变，FFPE 损伤和污染会添进假突变。

分母：理想情况下是实际可检出的编码区，也就是肿瘤和正常都覆盖足够的那部分。实践中常用捕获区大小近似，它因试剂盒而异，常见约 30–60 Mb。maftools 的 tcgaCompare 默认把 TCGA 的捕获区按 35.8 Mb 计算；tmb() 如果不指定捕获区大小，默认用 50 Mb。

在 LAML 上算 TMB

组件按 35.8 Mb 计算 193 位患者的 TMB，在对数轴上从低到高排列。中位数约 0.25 mut/Mb，没有一位患者接近 10 mut/Mb。AML 处在各类肿瘤 TMB 范围的最低端，另一端是黑色素瘤、吸烟相关肺癌和错配修复缺陷的肿瘤。

可以试三件事：

• 把分母从 35.8 Mb 换成 50 Mb：每个值都按 35.8 / 50 缩小，排序不变，但和固定阈值比较的结论会变。
• 打开“同义突变也计入”：分子变大，所有值都上升。
• 把分母拖到 1 Mb 附近：数字一下子变大。这只是演示分母的作用。panel 只覆盖约 1 Mb，数到的突变本来就少得多，WES 的突变数除以 1 Mb 并不等于 panel 的 TMB。

组件默认只显示 193 位有 MAF 记录的患者，这也是多数工具的做法。临床表里另有 7 位已测序但没有突变记录的患者，他们的 TMB 应为 0，也应该进入分布。打开最后一个开关可以把他们加回来。在这个数据里中位数几乎不变，因为很多患者的突变数相同；但如果队列里有很多突变很少的肿瘤，丢掉这些 0 会让中位数以及基于它的所有阈值发生偏移。

10 mut/Mb 这条线从哪里来

2020 年，FDA 依据 KEYNOTE-158 研究，批准帕博利珠单抗用于 TMB ≥ 10 mut/Mb、既往治疗后进展的不可切除或转移性实体瘤，同时批准 FoundationOne CDx（F1CDx）作为伴随诊断。所以这条线是在 F1CDx 上定义的：

• F1CDx 是 324 个基因的 panel，编码区约 0.8 Mb；
• 它的分子包含同义突变，排除已知驱动突变，并去除胚系变异；
• WES 的非同义 TMB 分子口径不同，分母大得多，覆盖的基因也不同。

因此 WES 的 TMB 不能直接拿 10 mut/Mb 划线。要比较，需要在同一批样本上同时做两种检测并互相校准。即使在 panel 上，这个阈值对不同肿瘤类型的预测价值也不一样。

常见误区

• 不填捕获区大小，用了软件默认值。 maftools 的 tmb() 默认 50 Mb，可能和你的试剂盒差得很远。
• 把 WES 的 TMB 直接和 10 mut/Mb 比较。 这条线是 panel 口径，WES 需要另行校准。
• 漏掉没有突变的样本。 已测序但 MAF 中没有记录的样本，TMB 是 0；漏掉它们会抬高中位数。
• 把超突变样本当作假阳性删掉。 先看突变谱：POLE 突变或错配修复缺陷的肿瘤本来就 TMB 很高。